Американські вчені знайшли спосіб, як швидше і дешевше робити аналіз ДНК на мутації

Вчені з американської компанії-виробника графічних процесорів Nvidia та Гарварду розробили набір інструментів машинного навчання під назвою AtacWorks, який здатний значно скоротити час та витрати, необхідні для проведення рідкісних одноклітинних експериментів.

Як повідомляє Укрінформ з посиланням на Engadget, це дасть змогу швидше виявляти у геномі мутації, які можуть призвести до ряду захворювань.

Згідно з дослідженням у Nature Communications, набір інструментів AtacWorks може здійснити аналіз цілого геному (процес, який зазвичай триває трохи більше двох днів) лише за півгодини. Це можна реалізувати завдяки графічним процесорам Nvidia Tensor Core.

AtacWorks працює з ATAC-seq – усталеним методом, що призначений для пошуку відкритих ділянок у геномі здорових та хворих клітин. Ці «відкриті ділянки» – це частинки ДНК людини, які використовуються для визначення та активації певних функцій (наприклад, у клітинах печінки, крові або шкіри). Ця частина геному людини може дати вченим вказівки на те, чи є у людини схильність захворіти на хворобу Альцгеймера, серця або на рак.

ATAC-seq зазвичай потребує аналізу десятків тисяч клітин, але AtacWorks здатний отримати ті самі результати з використанням лише одного десятка. Дослідники також застосували AtacWorks до набору стовбурових клітин, що виробляють еритроцити та білі кров’яні клітини. Ці підтипи зазвичай не можна вивчити традиційними методами. Завдяки AtacWorks їм вдалося ідентифікувати окремі частини ДНК, пов'язані з білими та червоними кров'яними клітинами.

Видання пише, що можливість аналізувати геном швидше та дешевше допоможе у визначенні конкретних мутацій або біомаркерів, які можуть призвести до певних захворювань. Це може навіть допомогти у виготовленні ліків, тому що дасть змогу дослідникам з’ясувати, як функціонує хвороба.